تأسس قسم وقاية المزروعات ضمن كلية الزراعة والطب البيطري عام 1402هـ، ثم دُمج عام 1424هـ مع أربعة أقسام أخرى (البساتين والغابات، وقاية المزروعات، التربة والمياه، المحاصيل والمراعي، الإرشاد والاقتصاد الزراعي) ليشكل قسم إنتاج النبات ووقايته، الذي قدّم برنامج بكالوريوس في “إنتاج النبات ووقايته” وبرنامجين للماجستير في “إنتاج النبات” و”وقاية النبات”. وفي عام 1438هـ، تم تطوير خطة برنامج البكالوريوس لتشمل مسارين: مسار الإنتاج النباتي، ومسار وقاية النبات. لاحقًا، وفي عام 1445هـ، أعيدت هيكلة أقسام الكلية، ليعود قسم وقاية النبات كقسم مستقل، مع اقتراح إنشاء برنامج بكالوريوس مستقل في وقاية النبات، استكمالاً لمسيرة المسار السابق، بهدف تلبية احتياجات المجتمع بمنطقة القصيم من الكفاءات المتخصصة في هذا المجال.