تعد الإدارة العامة للمراجعة الداخلية أحد الإدارات المستقلة المرتبطة بمعالي رئيس الجامعة، والتي تقوم بأداء مهامها باستقلالية وموضوعية، وتعنى أعمالها بتقييم أنظمة الرقابة الداخلية، وفحص التعاملات المالية، والتأكد من استغلال وكالات وعمادات وإدارات الجامعة لمواردها المالية والبشرية المتاحة لها بكفاءة وفاعلية عالية، وتسهم أعمالها في مساعدة الجامعة على تحقيق أهدافها المرسومة لها في خطتها الاستراتيجية، إذ تعد إدارة فاعلة في تطوير السياسات والتأكد من الالتزام بها، ورفع كفاءة الأداء وضمان الالتزام بالأنظمة واللوائح والسياسات المعتمدة.