تزامن إنشاء الإدارة العامة للشؤون القانونية مع إنشاء الجامعة في عام 1424هـ، وتتبع في هيكلتها لمعالي رئيس الجامعة، وتضم الإدارة نخبة من المتخصصين في الشريعة والقانون وذلك للعمل على إنجاز المهام المنوطة بها ومنها: تقديم الاستشارات القانونية لكافة الجهات في الجامعة، وتمثيل الجامعة أمام الجهات القضائية بكافة درجاتها في الدعاوى التي تكون الجامعة طرفا فيها، والتحقق من سلامة القرارات المنتجة للآثار القانونية ومدى التقيد بالمشروعية وحمايتها، ومراجعة وصياغة مشروعات اللوائح والعقود والاتفاقيات التي تكون الجامعة طرفاً فيها، والتحقيق في المخالفات، وغيرها من مهام تسند إليها.